Imprenditore attivo in diversi settori, proprietario del gruppo industriale GDA (Grande Distribuzione Avanzata), è salito alla ribalta come “Mister Postalmarket” per aver rilevato nel 1999 il gruppo milanese di vendita per corrispondenza dai tedeschi della Otto Versand, dopo un loro primo tentativo di salvataggio iniziato nel 1995 con la messa in mobilità di circa 350 dipendenti.
Nel 2001 Filograna ha fatto indirizzare nel Salento il concorso Postalmarket “Protagonisti di un sogno”: cinque treni appositamente predisposti portarono in provincia di Lecce 5.000 concorrenti che aspiravano a 250 posti da fotomodelli Postalmarket. A causa di molti ritardi dei treni e disguidi Filograna fu al centro di polemiche.
Tramite lo studio Ameco ha raccordato un sistema di cooperative (circa 1.400) riconducibile a Forza Italia. Nel 1996 ha fondato il LOOS (Libero Organismo per l’Occupazione e lo Sviluppo), aderente alla Lega dei Diritti dell’Uomo, organo di vigilanza dell’ONU.
Nel 1997, ha costituito la Consulta del Lavoro, in seguito Patronato di FI.
Nell’ottobre 2001, dopo il crollo della Borsa e a seguito degli scandali di Banca Leonardo, unico sponsor e Global Coordinator di Postalmarket, divenuta nel frattempo il più grande e-commerce generalista del mondo, con la piattaforma logistica più grande d’europa di proprietà di GDA (Grande Distribuzione Avanzata, controllata al 100%), Filograna fu costretto a rimandare la quotazione in Borsa di Milano, nonostante l’approvazione dalla Consob del prospetto informativo nel luglio 2000, a un valore di 3.600 miliardi di lire, e avviare la procedura di mobilità per 420 dipendenti non adatti a internet, in cambio di nuovi assunti più giovani già conoscitori del web. Tale cambiamento era previsto e sottoscritto dal Ministero dello Sviluppo Economico, dai Sindacati Nazionali e Territoriali di Postalmarket e dallo stesso Filograna. L’operazione fu contrastata, nonostante gli accordi, dagli stessi sindacati sottoscrittori e si arrivò prima al commissariamento ministeriale, poi alla vendita della società al gruppo Bernardi che, dopo varie traversie, ha cessato l’attività licenziando tutti i dipendenti e portando l’azienda alla procedura fallimentare.
Nel 2002 Filograna fu arrestato nel corso dell’inchiesta sul fallimento di una cooperativa di lavoro CSM, ritenuto amministratore di fatto della cooperativa nata nel 1994 e dalla quale si sospettava che avesse sottratto circa 5 miliardi di lire in 4 anni. Il suo procedimento giudiziario fu però chiuso anticipatamente senza rinvio a giudizio, con la caduta di tutte le accuse, la revoca dell’arresto, l’acquisto di Filograna delle società indagate sotto forma di piano di risanamento e sviluppo a un prezzo di 24 miliardi di lire, il patteggiamento breve e il conseguente rilascio di certificati penali puliti.
Filograna è stato a capo di un gruppo industriale, con società anche negli USA, in Europa, in Cina e con sedi in tutto il mondo, con oltre 12.000 dipendenti.
A settembre 2013 Eugenio Filograna ha ricevuto il premio Barocco per i suoi meriti imprenditoriali e per aver salvato nel 2012 lo sport calcio della sua città natale, Casarano, grazie alla costituzione della Casarano Calcio.
Nel 2020 Filograna ha ottenuto a Washington il Premio Eccellenza Italiana per meriti legati al mondo imprenditoriale.